הנהלת איגוד מהנדסי ערים בישראל נבחרת מתוך וועד האיגוד, מנהלת את פעילותו השוטפת, מהווה ייצוג רשמי לאיגוד ומובילה את הפעילות של הוועד ושל האיגוד כולו לאור החזון והמטרות.
הנהלת איגוד מהנדסי ערים הוא הצוות שנבחר להוביל ולהנהיג את פעילות האיגוד. ההנהלה, המורכבת מיו"ר, מנכ"ל וגזבר, מנהלת את פעילות הוועד ובאמצעותו את האיגוד כולו. הצוות נבחר מתוך חברי וועד האיגוד בבחירות שנערכות לאחר מינויו של וועד חדש. ההצבעה לבעלי התפקידים נערכת בין חברי הוועד ומנוהלת על ידי היועץ המשפטי של האיגוד. ההנהלה מנהלת את ענייני האיגוד השוטפים, תוך ביצוע החלטות הוועד, ומדווחת על פעילות בישיבות הוועד.
תפקידי היו"ר הם לנהל את ישיבות הוועד ואת האסיפה הכללית, הנערכת אחת לשנה, לייצג את האיגוד כלפי פנים וחוץ, וכל תפקיד אחר שיוטל עליו מעת לעת ע"י מוסדות האיגוד.
המנכ"ל הוא המנהל הכללי האחראי לניהול שוטף של ענייני האיגוד במסגרת המדיניות שקבע הוועד ובכפוף להנחיותיו. המנכ"ל הוא גם סגן היו"ר וממלא מקומו.
תפקידי הגזבר הם ניהול וטיפול בכל ענייניו הכספיים של האיגוד ובין השאר ניהול ההכנסות וההוצאות השוטפות, הכנת התקציב השנתי והדו"חות הכספיים והגשתם לאישור וועד האגודה והאסיפה הכללית. הגזבר גם הוא סגן היו"ר.